美国生物化学家贝希（MichaelJ.Behe）在《的黑匣子—生化理论对的挑战》对基于复杂理论的自组织生命起源观进行了猛烈的：“一开始的时候，复杂系统是以一个数学概念描述计算机程序的行为，而且其支持者们还没有能够成功地把它与真实的生物联系起来……复杂理论的支持者中还没有哪个人走进实验室，将各种各样的化学品放入试管中进行调配，看一下自给的代谢途径是否能自动地组织起来……复杂理论也许会为数学做出重要贡献，而且也能为生物化学做出一定的贡献。但是这一理论却无释作为生命基础的生化结构的起源。甚至用不着尝试”（贝希1998）。依笔者之见，这种复杂理论似乎就是自组织理论的翻版，它比后者不会带来更多的有价值的生命起源观，两者都没有生命起源最核心的过程—细胞的起源问题，而是选择将其扔进了不用知晓的黑箱！

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　　依笔者之见，套盒理论只不过假设了原始生命组织的两种可能的发展模式罢了，而它本质上则可以解读为到底应该是“遗传在先”还是“代谢在先”这样的问题（类似于“核酸在先”还是“蛋白在先”这样的悖论）。凯恩斯·史密斯根据现代生命细胞中的控制（遗传）或供应（代谢）结构特点勾勒了两种进化情景，多少有些主观地假定了一种从里向外的发展模式。但是，他并未解释清楚最初的控制结构或供应结构是如何起源的。归根结底，这是因为他并不知晓引领生命起源的真正原因，也不知道生命存在的真正目的。