其二,仅有这些感光,要完成现在生物中哪怕是最简单的光合作用功能都还是不可能的,它们还需要蛋白质的结构与反应支撑,需要核酸的信息记录与传递。因此,在原始汤中,应该还存在有构建蛋白质的各种氨基酸、构建核酸的核苷酸(核糖、碱基、磷酸盐)等,这些生物大的基本构建材料应该就是在地球诞生之初的高温、厌氧等中由简单的无机化合物自发形成的,或许还有更复杂一些的高有机聚合物(如聚氨基酸等)。如果不承认基本生命构件的存在,就会陷入超目的论的误区。
病毒的作用可能也不容忽视。英国科学家Man等(2003)完成了对蓝藻噬菌体的全基因组测序,在一段3.8kb长的DNA片段上发现了两个蓝藻的光系统II基因,这两个基因所表达的特定蛋白的功能主要是用来修补蓝藻的光合作用系统的。Sullivan等(2006)通过系统发育树的构建推测,噬菌体的光合作用基因来源于蓝藻,并认为噬菌体在海洋蓝藻之间进行基因水平转移中可能扮演了重要角色。就是说,病毒既然能够从蓝藻那里截取基因,它肯定可以把一些基因传给另外的宿主,如果这个另外的宿主是不同的,就起到了基因混合的目的。