光能的传递和是光系统的核心，这中间贯穿的是电子的流动（图15）和质子的转移，而最初的目的就是为了生成ATP和NADPH，这也是光系统是否成型的重要判别标准。细胞色素与叶绿素相似，是膜结合电子载体，质醌是脂溶性电子载体，能进行跨膜电子传递，而PC和Fd则是水溶性载体，一个位于类囊体膜内侧（腔内），一个位于内囊体膜外侧，光化学反应的电子最终传到了NADP+，并通过类囊体膜内外的质子（H+）梯度，合成了ATP。

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