只有一个高效的光合作用系统才能生产更多的有机物，这种光合系统就会被更广泛地或扩展—这可能就是光合系统不断向高效方向演化的核心动力，这也是自然选择的方向性。因此，我猜测最初的酶可能就是在与光合作用过程相关的各种氧化还原反应与多肽/蛋白质的相互作用过程中逐渐形成的，如果通过酶促反应可以不断地提高反应速率，就可能获得竞争与被选择下来的优势，这应该就是酶促反应速率能够达到惊人速度的根本缘由。这样，蛋白质一方面成为光合系统的结构支撑部分，另一方面成为推动一系列生化反应高效进行的催化剂，因此就出现了酶蛋白与结构蛋白之间在功能上的分化。

　　但是，氨基酸不含有高能磷酸键，因此，蛋白质合成过程中还需要高能化合物ATP将氨基酸活化（形成氨酰-tRNA,图26）。由于蛋白质氨基酸有20余种，且有众多的侧链基团，因此能形成复杂多样的立体结构（III级和四级结构），或者说，蛋白质在形态和结构上的可塑性强。显然，蛋白质的生化合成步骤就要比核酸复杂得多，可能一是需要能量，二是种类繁多且结构复杂（活性基团多），需要更为复杂的识别与调控模式。