在极少数的古菌中未发现细胞色素基因。有学者（王子晖2011b）就认为，缺乏细胞色素是古老的象征，因此作为LUCA的应该缺乏细胞色素。在古菌中，发现细胞色素基因在甲烷火菌（Methanopyruskandleri，简称Mka）、热自养甲烷嗜热杆菌（Methanothermobacterthermautotrophicum，简称Mth）、甲烷球菌（Methanococcusiannaschii，简称Mia）、激烈火球菌（Pyrococcusfuriosus，简称Pfu）、深海热球菌（Pyrococcusabyssi，简称Pab）和超嗜热古菌（简称Pyrococcushorikoshii，简称Pho）的基因组中缺失，Mka、Mth和Mia利用H2和CO2合成甲烷，而Pfu、Pab和Pho则代谢产生H2和CO2，这些缺乏细胞色素的被划归为进化中异常保守的远古六菌，因此推测它们与缺乏细胞色素的LUCA关系很近。

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