卟啉环不限于叶绿素和细胞色素，还存在于一些古菌的辅酶中。甲烷古菌有一些独特的辅酶，这些酶存在于一些超嗜热古菌以及有限的真细菌之中。这些独特的辅酶也被认为是支持古菌进化的基础之一，而在真细菌中的古菌辅酶则被认为是近期基因侧向转移的（KimandGadd2008）。在真细菌和真核生物中的一碳单位的载体（C1-carrier）为四氢叶酸（H4F）和S-腺苷甲硫氨酸（SAM)，而在甲烷古菌中取而代之的是辅酶甲烷呋喃（MF）、四氢甲烷喋呤（H4MPT）和辅酶M；除了这些一碳单位的载体外，产甲烷古菌还利用辅酶F420、辅酶F430和7-巯基庚酰基苏氨酸磷酸（图24）。

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