病毒的作用可能也不容忽视。英国科学家Man等（2003）完成了对蓝藻噬菌体的全基因组测序，在一段3.8kb长的DNA片段上发现了两个蓝藻的光系统II基因，这两个基因所表达的特定蛋白的功能主要是用来修补蓝藻的光合作用系统的。Sullivan等（2006）通过系统发育树的构建推测，噬菌体的光合作用基因来源于蓝藻，并认为噬菌体在海洋蓝藻之间进行基因水平转移中可能扮演了重要角色。就是说，病毒既然能够从蓝藻那里截取基因，它肯定可以把一些基因传给另外的宿主，如果这个另外的宿主是不同的，就起到了基因混合的目的。

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